Ein typischer Aufruf hat folgenden Syntax:

MolPre2.1.exe a itt inputfile.vis a timeselect -s 0 -e 100 -b 10 a mol2 outputfile.mol2.0 -v0 a

Die Kommandozeile ist in drei Bereiche unterteilt: Laden, Verarbeiten und Speichern. Diese Bereiche werden durch den Guard-String voneinander getrennt. Der Guard-String ist durch den ersten Kommandozeilenparameter definiert (in diesem Fall a).

Anschließen bestimmt der erste Parameter jedes der drei Bereiche welches Modul genutzt werden soll. In dem Beispiel wird das Modul itt zum Laden der Eingangsdatei inputfile.vis benutzt, das Modul timeselect verarbeitet die Daten, und das Modul mol2 schreibt die Ergebnisse in die neue Datei outputfile.mol2.0. Die einzelnen Parameter jedes Bereichs hängen vom jeweils gewählten Modul ab.

Für jeden der drei Bereiche gibt es das null-Modul. Dieses Modul erledigt keinerlei Arbeit. Wird beispielsweise eine reihen Datenformatkonvertierung durchgeführt, kann als Verarbeitungsmodul das null-Modul eingesetzt werden, um die Daten direkt vom Lese-Modul in das Schreib-Modul zu übertragen. Ein entsprechender Aufruf hat dann folgenden Syntax (das Lade-Modul itt muss natürlich durch dasjenige ersetzt werden, welches dem entsprechenden Dateiformat entspricht):

MolPre2.1.exe a itt file.vis a null a mol2 file.mol2.1

Das Ausgabemodul mol2 erzeugt Mol2.1 oder Mol2.0 Dateien, welche dann direkt vom Visualisierungswerkzeugt MolCloud angezeigt werden können. Diese Dateiformate sind Eigenentwicklungen und haben nichts mit dem üblichen Mol2-Dateiformat gemeinsam.